Der Immundefekt 69 beruht auf Mutationen im INFG-Gen, welches Interferon-gamma kodiert. Durch den Ausfall diese Zytokins kann die mikrobizide Funktion der Makrophagen nicht ausreichend gesteigert werden, so das phagozytierte Mikroorganismen intrazellulär proliferieren können. Dies ist insbesondere bei Mykobakterien besonders prekär.