Als kryptisch werden Mutationen in DNA-Regionen bezeichnet, die keine Auswirkungen auf den Phenotyp besitzen. Im engeren Sinne werden unter kryptischen Mutationen solche verstanden, die unter speziellen Bedingungen doch einen Einfluss auf den Phenotyp bekommen könnten. So zum Beispiel Mutationen in Pseudogenen, die durch eine zweite Mutation plötzlich translatiert werden, oder Muationen in DNA Regionen, die durch veränderten Transkriptionsfaktor eine Regulatorfunktion erhalten.